A partir de la revisión de la estructura organizacional de la Institución en el año 2005, se modificó la estructura de la Dirección General de Planeación, quedando integrada por las Direcciones de Estudios Estratégicos y Desarrollo Institucional, de Información y Sistemas, de Proyectos y Obras, y  de Gestión de la Calidad.

La Dirección de Estudios Estratégicos y Desarrollo Institucional fue creada en abril de 2006 con el objetivo de coordinar la realización de estudios estratégicos que sirvan como insumo para la planeación institucional, así como apoyar la formulación de programas y proyectos para el desarrollo de la Universidad. El inicio formal de la Dirección se da en el mes de mayo del año 2006.

Esta Dirección está integrada por los Departamentos de Planeación y Estudios para el Desarrollo y de Programación, Presupuestación y Seguimiento de la Planeación. El primero de estos Departamento lo conforman las Áreas de Desarrollo Institucional, Estudios Estratégicos y Estadística Institucional. El segundo por las Áreas de Programación y Presupuestación y de Seguimiento y Monitoreo.

La Dirección de Estudios Estratégicos y Desarrollo Institucional se concibe como una instancia que promueva la vinculación, alineamiento y generación de nuevas sinergias entre la academia universitaria y la conducción política e institucional de la Universidad.

La realización de diagnósticos del sector educativo en el nivel medio superior y superior, así como en el sector productivo, es cada vez más necesario para la identificación de necesidades, perspectivas de desarrollo y de oportunidades de innovación educativa. Lo anterior permite tener orientaciones para la priorización de acciones de impacto que fortalezcan con efecto multiplicador el desempeño y mejora de la calidad educativa de la UAEH.

Los estudios estratégicos se enfocan a conocer el nivel de competitividad y las capacidades y fortalezas de la universidad para aprovechar las oportunidades de desarrollo institucional en el ámbito académico, de investigación, extensión y de vinculación con el sector social y productivo. Estos estudios consisten en una actividad intelectiva en la que participa convergentemente un conjunto de disciplinas de conocimiento que facilitan el tratamiento sistemático de problemas estratégicos. Se pueden orientar a objetos de estudio relacionados a los sectores económicos y productivos del estado de Hidalgo para identificar áreas de oportunidad.

Los estudios a desarrollar y los procesos de planeación participativa se harán bajo la perspectiva de trabajo interdisciplinario e interinstitucional al interior de la Universidad, con esquemas colaborativos de generación de conocimiento que tienen una característica fundamental: responder a demandas específicas marcadas por los responsables de la conducción institucional, mismas que se construyen sobré la base de las necesidades del contexto, las orientaciones de política interna y las necesidades de planeación y desarrollo institucional en la UAEH.

Otra actividad importante de ésta Dirección es apoyar y orientar en la formulación de programas y proyectos a las dependencias universitarias y coordinar la elaboración del anteproyecto de presupuesto anual universitario.

Para mejorar los procesos de planeación es necesario contar con un mecanismo eficiente de seguimiento y retroalimentación con las áreas de planeación para proponer políticas y estrategias de mejoramiento de la capacidad y competitividad institucional. Por ello, la Dirección también contempla dentro de sus actividades el seguimiento de la planeación institucional.