Durante los año de 1996 a 2004 se realizaron cursos de Calidad Total,  Responsabilidad individual y de grupo, Auditor Interno, Cultura Organizacional.ISO 9001:2000.

Diez Dependencias y quince  procesos de la División de Administración y Finanzas de  2001, 2002, 2003 y 2004 son certificados. Para 2005  suman quince dependencias y veinte procesos se incluyen el control escolar y los servicios académicos.

Para el año 2006 se realizó el curso de Mejora Continua, Auditor Líder coordinado por la Dirección de Gestión de la Calidad, Auditores Internos, Mejora Continua a los Sistemas de Gestión de la Calidad y Herramientas para la Mejora Continua.
  
A partir del establecimiento de la nueva estructura organizacional en mayo de 2006 se definieron dependencias y un acercamiento a la que serán las funciones, en lo relativo a calidad se definió de la siguiente manera;
Función de la Dirección de Gestión de la Calidad; Planear Organizar Dirigir y Evaluar Políticas y Proyectos para el aseguramiento de la calidad de la universidad.

Departamento de certificación de procesos; Promover, organizar e implementar la metodología para la definición  de los procesos.

Departamento de Organización y Métodos; Se encarga de la Organización y Métodos, para vigilar la actualización de la estructura organizacional,  así como de los manuales de organización y procedimientos.

En el mes de mayo de 2006 inician los trabajos relativos al diseño de un sistema integral de gestión de la calidad por lo que se inicia la integración del sistema  con la unificación de dos subsistemas de certificación el relativo a los servicios académicos y los de la administración.

Para el año 2006 se logra la primera fase de integración   con la certificación de 37 procesos operativos.
Para el año 2007  se certifican  cuatro procesos estratégicos: Gobierno, Gestión, Educación – Formación y Control  se integran al alcance 56 dependencias.

Para 2008 se mantiene los cuatro procesos estratégicos, y se incluye en el alcance a 61 dependencias universitarias que integran al Honorable Consejo Universitario y Consejo de Gobierno.

Para el año 2009 el alcance incluye a 63 dependencias universitarias incluyendo a dos cuerpos colegiados que son el Honorable Consejo Universitario y Consejo de Gobierno y se logra la certificación del Sistema Institucional de Gestión Ambiental con base en la norma ISO  14001:2004 este sistema da seguimiento a la operación  de cuatro programas: Tratamiento de aguas residuales en la ciudad universitaria, reforestación, manejo de residuos y difusión de la cultura ambiental.

En ese mismo año la institución obtuvo el distintivo de Empresa Socialmente Responsable otorgado por el Centro Mexicano para la Filantropía, que se obtiene por el cumplimiento a los indicadores de responsabilidad social de la institución  respecto a la Calidad de vida en la organización, Ética, Cuidado del medio ambiente y Vinculación con la comunidad.